Il Museo è un punto di riferimento per i beni culturali del territorio della Diocesi di Genova: è infatti incaricato della conservazione delle opere d’arte qualora queste si trovino in situazioni inadeguate o in condizioni di rischio, oppure quando non abbiano più interesse ai fini del culto. Come luogo della memoria, il Museo valorizza e fa conoscere il patrimonio artistico diocesano organizzando e promuovendo diverse attività per creare il raccordo tra la storia, l’arte cristiana e il presente.

Il Museo Diocesano di Genova è stato aperto al pubblico il 16 dicembre 2000 con i fondi delle Celebrazioni Giubilari: all’interno dei tre piani del percorso espositivo sono inseriti manufatti e apparati secondo un ordinamento cronologico, tali da restituire le vicende più significative della storia del sito e della Chiesa di Genova.